El ecosistema de manglar y estuario contribuye a la regulación climática regional, protección y estabilización de la línea costera, provee de hábitat a una alta diversidad de fauna y brinda la oportunidad de realizar actividades económicas importantes como el turismo, pesca artesanal y producción acuícola. La cobertura de este ecosistema en El Salvador se ha reducido de 45,000 ha registradas en el 1974 a 28,000 ha en el 2004.

Los ecosistemas de manglares y estuario con mayor extensión son bahía de Jiquilisco-Jaltepeque, bahía de La Unión y Barra de Santiago, sin embargo también se observan en la bocana San Juan, Metalío, el Icacal entre otros. La bahía de Jiquilisco y la de la Unión, sustentan la mayor parte de la producción pesquera del Pacífico centroamericano, en particular de Guatemala, El Salvador y Nicaragua, ya que son refugio para la alimentación y reproducción de numerosas especies de peces, crustáceos y moluscos con alto valor comercial.

En este contexto, la iniciativa busca generar información científica que permita implementar medidas orientadas a la Adaptación basada en Ecosistemas, la cual consiste en el uso de la biodiversidad y los servicios ecosistémicos, para ayudar a las personas a adaptarse al Cambio Climático; como una estrategia de manejo sostenible, conservación y restauración de ecosistemas, tomando en cuenta los beneficios sociales, económicos y culturales de las comunidades locales.