• Contribuir al conocimiento de la estructura y los procesos físicos, químicos y biológicos que regulan los sistemas ecológicos propios de los ambientes marinos costeros y de aguas dulces con que cuenta el país.
  • Desarrollar investigaciones y transferir tecnología en las áreas de pesca y acuicultura, cuantificar niveles de contaminación ambiental y proponer medidas de mitigación, atenuación y remediación.
  • Servir como organismo rector en la formación profesional de licenciados, máster y doctores en Biología Marina, Ecología Marina, Ecología Pesquera, Manejo Integrado Costero y Acuicultura.
  • Realizar investigación científica para establecer la base en que debe fundamentarse la ordenación de la zona costera, oceánica y el uso y conservación sustentable de los recursos naturales marinos.
  • Participar en la formación y capacitación científica de estudiantes del nivel preuniversitario en disciplinas relacionadas con el mar y la zona costera, proporcionando las facilidades para su adiestramiento, por medio de la organización de seminarios, talleres y cursos de capacitación.
  • Promover la cooperación con otras instituciones del estado, empresa privada y organismos internacionales encargados de estimular la investigación marino-costera y acuicultura.
  • Vincular la investigación con la proyección social, por medio de divulgaciones científicas y transferencia tecnológica.